中共南京农业大学机关委员会是南京农业大学的一个基层党委,共有党支部22个,包括:党委办公室党支部,党委组织部党支部,党委宣传部党支部,纪检巡察党支部,工会党支部,团委党支部,校长办公室党支部,发展规划与政策研究处党支部,人力资源处党支部,教务处、教师发展与教学评价中心党支部,学生工作部(处)党支部,研究生院(部)党支部,科学研究院党支部,计财与国有资产处党支部,审计处党支部,社会合作处党支部,实验室与基地处党支部,基本建设处党支部,保卫处党支部,信息化建设中心党支部,校友总会办公室党支部,退休党支部。
机关党委书记:朱筱玉;机关党委常务副书记:丁广龙