中共南京农业大学机关委员会是南京农业大学的一个基层党委，是贯彻执行学校党委、行政的决议、决定的工作部门。在学校党委的领导下，机关党委始终坚持邓小平理论和“三个代表”重要思想, 全面落实科学发展观，整合机关学习资源，健全和完善机关学习制度，加强培训和考核工作；规范支部工作，加强质量管理，不断完善组织工作制度；增强机关教职工的思想自觉性和行动自觉性，继续推进“五型” 机关创建活动，不断提高机关教职工的思想素质和服务水平；开展适合机关特点的特色活动，活跃教职工文化生活，关爱职工身心健康。

  机关党委书记：孙雪峰；机关党委常务副书记：刘志斌；

  机关党委委员（按姓氏笔画排序）：尤树林、包  平、庄  森、孙雪峰、刘志斌、刘  勇、吴  群、陈  俐、单正丰、胡正平。

 目前共有党的基层组织26个。其中党委1个，党支部25个，包括：党办党支部、组织部党支部、宣传部党支部、纪检巡察党支部、工会党支部、团委党支部、校长办公室党支部、发展规划与学科建设处党支部、人力资源部党支部、教务处、教师发展与教学评价中心党支部、学生工作部（处）党支部、研究生院（部）党支部、科学研究院党支部、人文社科处党支部、国际合作与交流处党支部、计财与国有资产处党支部、审计处党支部、采购与招投标中心党支部、社会合作处党支部、实验室与基地处党支部、基本建设处党支部、保卫处党支部、信息化建设中心党支部、校友总会办公室党支部、退休党支部。

  机关党委共有党员421名，其中在职党员316名，退休党员105名；女党员216名，占党员总数的51.31%；少数民族党员9名，占党员总数的2.14%。